В 1789 году среди кандидатов на должность муфтия только что созданного Оренбургского магометанского духовного собрания губернатор решил выбрать самого надежного человека. Таким образом, первым муфтием стал 33-летний Мухаммеджан Хусаинов (род. 1756).
Сначала он учился в Каргалах, позже в медресе Мухаммедгали хазрата в деревне Казакай, а затем обучался в Бухаре и поэтому владел персидским языком. Из Бухары Мухаммеджан Хусаинов отправился в Афганистан и некоторое время жил в Кабуле. Здесь он общался с Фаизханом Кабули и другими видными деятелями.
Мухаммеджан Хусаинов принадлежал к образованной купеческой семье, чей род происходил из деревни Султанай Уфимской провинции. Вначале он служил офицером в Оренбурге. Участвовал в комиссии по подписанию мирного договора с казахами, а затем был назначен к ним ахундом. Он сделал много для налаживания отношений между казахами и Российским государством.
После казахских степей Хусаинов был отправлен на Кавказ, где участвовал в присоединении Кабарды и принимал присягу на верность России. А затем активно пропагандировал среди мусульман, живущих в окрестностях Астрахани, быть верноподданными империи. Конечно, все его усилия не остались незамеченными, и он получил должную награду. В том числе благодаря этим заслугам его посчитали наиболее подходящей кандидатурой на должность первого муфтия.
Во время его работы муфтием мусульманам удалось получить от государства много свободы. В то время Екатерина II очень опасалась восстаний со стороны татар, башкир и казахов. Мусульманам разрешалось строить мечети и медресе, в некоторых городах (Оренбург, Верхнеуральск, Троицк и Омск) государство само участвовало в строительстве мечетей.
А в Оренбурге вдобавок государством была построена мусульманская школа. В последующем ее возглавил мударрис Мубсалям хазрат Мансури.
Согласно указу от 1788 года, Духовному собранию предписывалось назначать имамов на основе экзаменов. Основное делопроизводство велось на русском языке. Вначале Духовное собрание 5 лет находилось в Уфе, затем ненадолго переехало в Оренбург и в 1802 году снова вернулось в Уфу.
Официально оно продолжало называться Оренбургским магометанским духовным собранием. Вероятно, это также связано с тем фактом, что в 1802-1865 годах Уфа являлась административным центром Оренбургской губернии.
Большинство мусульман появление такого учреждения встретили с большим воодушевлением. Должность муфтия среди российских мусульман приобрела большой престиж, а также к нему с большим почтением относилась имперская администрация. Он имел довольно много прав: ни один православный священник или миссионер не имел права выступать против него.
Основываясь на предоставленные Екатериной II права, муфтий мог строить мечети и медресе, где пожелает и без особых на то разрешений. Из государственной казны ему выплачивалось жалованье в размере 125 рублей, кроме того, он получал множество подарков.
Таким образом, муфтий был довольно обеспеченным человеком. Для нужных поездок его всегда ожидала запряженная тройка коней. Казыи – мусульманские судьи при Духовном собрании – назначались из авторитетных татарских богословов. Например, на протяжении 100 лет с 1789 по 1889 годы на должность казыя не было назначено ни одного муллы из башкир или казахов.
Муфтий Мухаммеджан Хусаинов сделал очень много для мусульман Российской империи. Однако в последующем были и некоторые негативные моменты, связанные с жаждой богатства. Например, под Уфой у деревни Мирас муфтий приобрел огромные земли площадью 2 274 десятин.
Свою дочь Фатиму он выдал за хана Букейской Орды Джихангира и благодаря этому выгодному союзу стал владельцем большого количества лошадей. В последующем в своем имении он занимался разведением и продажей лошадей. Доход от торговли лошадьми составил более 50 тысяч рублей. Кроме этого, муфтий имел большие дома в Оренбурге и Уфе.
Однако в последующем башкиры подали на него в суд, обвиняя в незаконном присвоении земель. Ему на старости лет пришлось сидеть на скамье подсудимого. Эта была плата за его чрезмерную алчность. В результате суд отобрал у него часть земель. Это и ряд других дел негативно сказались на авторитете муфтия среди мусульман.
Муфтий Мухаммеджан Хусаинов покинул этот бренный мир 18 июня 1824 года и был похоронен в своем имении рядом с деревней Аджитар (Аджитарово). На должности муфтия он находился 34 года и 10 месяцев.